Las Puertas de Bryyo es una habitación amplia con un enorme Recolector Solar en el centro y paredes rocosas con algunas cámaras y estructuras en ruinas. Cuando Samus llega por primera vez, debe abrir una puerta controlada por dos cierres. Ella tiene que desplazarse hasta un lado accesible de la torre e ir por el túnel en Morfosfera hasta el cierre naranja y activarlo con una Bomba, lo que hará aparecer unas plataformas y desactivará un cierre de la puerta. Para acceder al otro, debe poner en posición una plataforma con el Rayo Enganche, pero eso derrumbará un puente de piedra. Tras avanzar por la plataforma puesta y las activadas recientemente, se podrá alcanzar la parte alta del recolector y llegar al cierre azul.
Tras activarlo, la puerta se abrirá y una placa metálica que bloqueaba la cornisa derecha se retirará, pero otra bloqueará la izquierda. Samus podrá entrar en la cámara que tapaba la puerta, que contiene dos túneles en la pared, uno de ellos bloqueado por un Orbe Metálico que se podrá retirar con el Rayo Enganche, Modo Lazo. El lado izquierdo lleva hasta otra pequeña cámara que lleva a la Senda del Patio del Gólem, mientras que el derecho lleva hasta una zona superior de la habitación con una puerta hacia el Relicario II y un túnel que lleva a la entrada.
En la zona superior de la habitación (accesible por el túnel derecho de la cámara) hay un Reptilicus congelado que bloquea un túnel. Tras destruirlo con el Rayo de Plasma, el túnel estará despejado y al final del mismo está la expansión.
Reptilicus. Capaz de teletransportarse. Muy agresivo y territorial.El escáner señala una mutación que permite al reptilicus teletransportarse distancias cortas, facultad que usa en combate para acorralar a sus presas. Los reptilicus sufren el mal del Phazon y su capacidad de razonamiento se ha visto sustituida por una sed de sangre implacable. Las mutaciones también han aumentado su resistencia al Gel Fuel.
Puffo del Gel. Consume y emite gases de Gel Fuel. Explota cuando se le molesta.El contacto prolongado con el Gel Fuel hace que estos seres sean especialmente vulnerables a los rayos. Este tipo de puffo ha aprendido a aprovechar los vapores del Gel Fuel para alimentarse y mantenerse a flote. Su caparazón, aunque parece muy resistente, es relativamente frágil.
Púa de Phazon. Peligrosas en grupos. Se destruyen con su propia arma.Disponen de una mayor maniobrabilidad en el aire lo que hace casi imposible hacer blanco con disparos normales. La bandada combina sus energías para crear un chorro de energía que disparan a su presa, aunque morirán si se detona con ataques normales antes de ser disparado. Las púas de Phazon han resultado de la sobreexposición de sus primas a esa sustancia y comparten la mayor parte de las características, salvo que estas últimas son mucho más peligrosas.
Púa nocturna. Genera un campo de fuerza. Evitar el contacto directo.Las Púas Nocturnas son depredadores que suelen moverse en bandadas para cazar. Tienen la habilidad de generar un campo de fuerza que las envuelve, aunque es inestable. Si entran en contacto con otro ser, se sobrecargan y explotan, lo que acabará con la vida de la púa como si de una abeja se tratase.
Saltamontes. Dispone de espolones. Salta sobre sus presas.Estos agresivos insectoides acechan a su presa hasta que están a la distancia adecuada, momento en el que se abalanzan sobre ella y usan sus afilados espolones para descuartizarla. También suelen disparar chorros de veneno sobre sus presas. A pesar de su belicosidad, son de complexión débil y fáciles de eliminar. Por ello, es normal que cacen en manadas.
Shriekbat de Bryyo. Volador, explosivo y rápido. Eliminar a distancia.Se trata de de otro de los tipos de Shriekbats repartidos por el sistema. Suelen ir en grupos y resguardarse en lugares muy protegidos, como cuevas y cavernas, donde cazan y se alimentan. Esta especie defiende sus nidos con sus vidas, ya que se lanza en picado sobre cualquier intruso que los amenace.
Los contenedores pequeños se pueden destruir con cualquier arma. Su revestimiento es poco resistente.Los contenedores pequeños fueron diseñados para poder transportarse con facilidad. Están fabricados con materiales ligeros y cualquier arma puede abrirlo.
Dentro de los contenedores suele haber munición y suministros. Solo pueden ser abiertos con armamento pesado.Fueron diseñados para almacenar suministros en aquellos lugares en los que los hongos kashh no podían sobrevivir. Su revestimiento los hace invulnerables a casi todas las armas.
Escaneo completo. El objeto ofrece un punto de agarre para el Rayo Enganche.Para usar el modo Liana del Rayo Enganche, fija el blanco en el Punto de Enganche con Z. Suelta Z para dejar de agarrarte. Puedes seguir disparando mientras uses el modo Liana.
El escudo rojo es invulnerable a casi todas las armas. Una explosión podría dañarlo.Los escudos rojos contienen una gran concentración de alcrebite en su estructura y se los neutraliza fácilmente con explosiones. Una vez destruido, el escudo no se puede reparar.
Esta puerta de piedra contiene un escudo de energía que puede ser neutralizado por cualquier arma.Estas puertas están talladas en la piedra azul característica de este mundo. Cada una lleva incorporado un escudo de energía que puede ser neutralizado con cualquier tipo de arma.