La Batalla de los Lados Oscuros es un evento y al mismo tiempo una batalla contra unos jefes de Super Smash Bros. Brawl, es accesible en los Modos de eventos Cooperativos del Juego. El Jugador 1 controla a Link, de la saga The Legend of Zelda, y el Jugador 2 a Samus Aran; los personajes se enfrentan a sus versiones de Brawl de Samus Oscura y Link Oscuro. Los cuatro luchadores tienen un cierto porcentaje de vida y al recibir daño éste porcentaje se reduce. Cuando el porcentaje llegue a 0 el personaje cae inconsciente.