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El Equipo de Ciencia de los Piratas Espaciales (Space Pirate Science Team en las versiones inglesas) es una organización de los Piratas Espaciales controlada por el Mando. Su misión es la de controlar todas las operaciones relacionadas con la investigación. Para operaciones específicas, por ejemplo los experimentos de mutación Phazon en Tallon IV, existen pequeños equipos (subdivisiones del equipo central) que se encargan de estos proyectos, como el equipo Sclera.

Operaciones

Armas del cazador

Según varios datos obtenibles en Metroid Prime, el Equipo de Ciencia realizó varios intentos de recrear o duplicar el armamento del traje de Samus Aran, siendo ejemplos concretos el Cañón y la Morfosfera. La intención de recrear dichas armas se debió al éxito de las mismas en la caída pirata de Zebes. Los intentos de duplicar la tecnología del cañón fueron exitosas, con múltiples tropas piratas teniendo dicho armamento. No hubo tanta suerte, sin embargo, con los intentos de recrear la Morfosfera. Los sujetos que eran expuestos a prueba de dicha tecnología terminaban severamente malformados e inutilizados de por vida. Después de estos intentos fallidos, el equipo de ciencia decidió sabiamente abandonar el proyecto.

Proyecto Metroid

Después de la caída de su base en Zebes, el equipo de ciencia ubicado en el planeta Tallon IV empezó una serie de investigaciones que tenían como objetivo convertir la especie Metroid en poderosas armas biológicas. Los Metroid que fueron salvados de la caída de Zebes fueron transportados en las fragatas piratas Orpheon, Siriacus y Vol Paragom. Los equipos de ciencia descubrieron muchas peculiaridades de los Metroid, como su habilidad para drenar energía de sus enemigos sin que éstos pierdan sangre o fluidos. Los Metroid mostraban muchas potencialidades, por lo que el equipo de ciencia inició un proyecto que tenía como objetivo tanto duplicar las características de los Metroid y domesticar a los mismos.

Los científicos no pudieron determinar como hacían los Metroid para drenar energía, y la segunda parte del proyecto terminó en tragedia cuando los Metroid no quisieron ser domesticados y atacaron a sus "dueños". El último experimento de esa naturaleza dejó gran cantidad del personal muerto. Después de que los laboratorios situados en Phendrana y en las Minas de Phazon enTallon IV fueran destruidos por Samus Aran, los científicos continuaron sus investigaciones en otros lugares, como en el planeta Éter.

Proyecto Phazon

Con el descubrimiento del Phazon, una sustancia altamente radioactiva, en Tallon IV, empezaron a realizarse investigaciones que tenían como objetivo inyectar dicha sustancia a especies nativas de ese planeta y a algunos Metroides creando así a los Metroid Fision. La mayoría de las especies murió después de la tercera o cuarta dosis de Phazon. Este proyecto fue el antecedente al Proyecto Helix. Cuando los laboratorios de investigación en Tallon IV fueron destruidos, la mayor parte de la investigación fue perdida.

Proyecto Helix

Artículo principal: Proyecto Helix

Eventualmente, los Piratas Espaciales empezaron a inyectarse Phazon a ellos mismos. Inciaron una investigación sobre los resultados posibles al fusionar ADN de Pirata Espacial con Phazon. Estas investigaciones tuvieron de nombre Proyecto Helix. La mayoría murieron al inyectarse varias dosis de phazon, otras trajeron finales desastrosos y las finales fueron las mejores, creando Piratas Élite, Pirata Omega, Phazon Élite.

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