A continuación se describen los otros dos modos de juego aparte del modo Multimisión: el modo Monomisión y el Modo Multijugador.
Monomisión[]
El modo Monomisión consiste en jugar en una única mesa, sin posibilidad de transportarse a otra y sin conseguir Artefactos Chozo.
En las mesas con minijuegos (Fragata Pirata y Superficie de Tallon), que están disponibles desde el principio, se deben completar minijuegos para obtener puntos y Especiales. El objetivo es conseguir la mayor cantidad de puntos posible. Al completar un minijuego, se podrá volver a jugarlo en el siguiente nivel de dificultad. Se tienen dos esferas extra (se pueden conseguir más) y el juego acaba cuando se pierdan todas.
Las mesas con jefes se desbloquean al completarlas en Monomisión. En este caso, solo se dispone de una esfera, de modo que si la Morfosfera cae por el agujero o pierde toda su energía, se acabará la partida y se deberá empezar de nuevo. El objetivo es vencer al jefe (o, en el caso del Templo de los Artefactos, completar la mesa) en el menor tiempo posible, que viene marcado en la barra de la puntuación. Si se hacen combos, aparecerán Especiales que reducen el tiempo del contador en diez segundos.
Se dispone de todas las mejoras obtenidas en Multimisión, incluyendo la Energiesfera, que aparecerá de vez en cuando en algunas zonas si se hacen combos.
Multijugador[]
Hasta ocho jugadores pueden conectarse para hacer una partida multijugador. Para ello, uno de los jugadores debe tener el cartucho del juego e iniciar la partida, mientras que los otros deberán usar la Descarga DS de la consola. Aunque sea un modo destinado a jugar con más personas, puedes jugar solo a este modo iniciando una partida tú mismo sin que nadie se conecte.
Este modo se desarrolla en las Cavernas Magmoor, y el objetivo del juego es conseguir 100000 puntos antes que los demás jugadores (si juegas solo, el objetivo es llegar a esa puntuación). Para ello se deberán usar distintos elementos del tablero y hacer combos.
La forma más fácil de conseguir puntos es obteniendo Especiales. Para ello, debes usar los Flippers inferiores y enviar la Morfosfera a las puertas giratorias de los bordes, junto a unas columnas. Cuando lo hagas, varias luces de las columnas se encenderán. Cuando pases las suficientes veces por ambos lados y enciendas todas las luces de ambas columnas, aparecerá el Especial en la parte superior. Para cogerlo debes tocar una plataforma amarilla (que estaba subida cuando el Especial no está presente) que te enviará hasta él. Puedes hacer este proceso tantas veces como quieras.
Otras formas de obtener puntos es haciendo combos, enviando la Morfosfera a las flechas blancas de las rampas. Hay una luz circular amarilla que te dará puntos cuando entres en ella, de forma que primero te da 1000 puntos, luego 2000, después 3000, etc.
Hay varios grupos de dianas con una luz verde. Si las golpeas, se enviarán Metroides al jugador que tenga más puntos. Si juegas solo, aparecerán Metroides en tu mesa.
Si pierdes una esfera (los Metroides acaban con tu energía, o la esfera se cuela entre los flippers o por los agujeros laterales), tu puntuación bajará. Puedes ver la posición de tus jugadores en la Barra de Progreso, donde tú eres representado por un punto naranja y los demás por puntos azules.